De forensisch arts treedt op als gemeentelijk lijkschouwer. Bij een niet-natuurlijk overlijden of een vermoeden daarvan is het verplicht voor een behandelend arts om een gemeentelijk lijkschouwer te contacteren. Ook wanneer identiteit, datum van overlijden of plaats van overlijden onbekend zijn, wordt de forensisch arts erbij gehaald.

De forensisch arts onderzoekt dan of het overlijden natuurlijk was of niet. Dit onderzoek bestaat uit een uitwendige lijkschouw en het nakijken van de medische voorgeschiedenis van de overledene. Vaak wordt er samengewerkt met de recherche (die technische sporen zoals vingerafdrukken en bloedspatten onderzoekt) bij het onderzoek naar de doodoorzaak. Voor een inwendige lijkschouw wordt het lichaam doorgestuurd naar een forensisch patholoog.

De uitslag wordt tot een verslag verwerkt. Dit verslag wordt aan de officier van justitie bezorgt. Wanneer blijkt dat er strafbare feiten gepleegd zijn, volgt een verder onderzoek (bv. gerechtelijke sectie).